Das Neue Archiv ist das zentrale Archiv des Kantons Aargau seit seiner Gründung 1803.
Das Neue Archiv ist in folgende Unterabteilungen gegliedert:
Die Unterlagen des Grossen Rats umfassen in erster Linie die Protokolle bzw. die Verhandlungen ab dem 25. April 1803. Sie wurden von Anfang an mit Sach-, Orts- und Personenregister versehen, die dazugehörigen Sitzungsakten sind chronologisch nach Sitzungen und Artikelnummer abgelegt worden. Unterserien, die gesondert abgelegt werden, betreffen die Gesetzgebung mit der Spezialsammlung der Originalgesetze 1803-1880, Einbürgerungen ab 1945 und Begnadigungen ab 1969. In der vom Staatsarchiv neu vorgenommenen Ordnung wurden die Einbürgerungen ab 1906, die Begnadigungen ab 1854 separat erschlossen.
Das Archiv des Regierungsrates umfasst die Protokolle mit den Regierungsbeschlüssen sowie die Akten des Regierungsrates ab dem 27. April 1803. Jeder Protokollband ist mit einem Sach-, Orts- und Personenregister versehen. Die Jahresregister sind ausserdem in Zehnjahresregistern, sog. Dezennalregistern, zusammengefasst. Sie dienen als Findmittel und ermöglichen den Zugang zu den Beschlüssen sowie zu den Akten.
Aus dem 19. Jahrhundert gibt es rudimentäre Unterlagen der Staatskanzlei für die Zeit von 1835-1838 mit Prüfungen von angehenden Kanzlisten. Erst ab Mitte des 20. Jahrhunderts setzt eine - wenn auch nicht kontinuierliche - Überlieferung ein. Die seit 1803 von der Staatskanzlei angelegte amtliche Drucksachensammlung enthält Proklamationen, Gesetzespromulgationen, Gesetze und Verordnungen einzelner Departemente sowie die Bettagsmandate der Kirchenräte von 1803-1885. Dazu gehören auch die Staatskalender, das Kantonsblatt - später Intelligenzblatt und dann Amtsblatt genannt -, die Staatsrechnungen, Voranschläge und Rechenschaftsberichte sowie die aargauischen Gesetzessammlungen.
Die Departemente sind die zentralen Verwaltungseinheiten des Kantons. Bis 1852 sind sie in Kommissionen und Räten organisiert, ab 1853 in einem Direktions- und Departementalsystem. Die Bestände der einzelnen Departemente sind in unterschiedlichem Ausmass erschlossen. Oft existieren departementsinterne Geschäftskontrollen, die so genannten Tagebücher samt Register.
Seit ihrer Einrichtung 1803 sind die Bezirksämter Vollzugs- und Untersuchungsorgane der Zentralverwaltung auf mittlerer Verwaltungsebene zwischen Kanton und Gemeinden. Somit erstreckt sich ihre Tätigkeit auf sämtliche staatliche Verwaltungsgebiete, einschliesslich des Strafvollzugs. Verwaltungsorganisatorisch sind sie dem Departement Volkswirtschaft und Inneres zugeordnet. Insgesamt gibt es 11 Bezirksämter: Aarau, Baden, Bremgarten, Brugg, Kulm, Laufenburg, Lenzburg, Muri, Rheinfelden, Zofingen und Zurzach. Ende 2011 wurden die Bezirksämter aufgehoben und durch regionale Staatsanwaltschaften ersetzt.
Die Unterlagen der Justizbehörden bildeten seit 1803 eine eigene Archivabteilung. Zum Archiv Rechtsprechung gehören die Bestände des Obergerichts mit seinen Spezialverwaltungsgerichten, der Konkursämter ebenso wie die Unterlagen der 11 Bezirksgerichte und der Friedensrichter.
Die Bezirksgerichte waren 1803 als Nachfolger der helvetischen Distriktsgerichte geschaffen worden und nahmen die Funktion eines bürgerlichen Polizeigerichts erster Instanz ein. Ihre Aufgaben sind vergleichsweise stabil geblieben, auch wenn sie im Laufe der Zeit neben andern ihre untersuchungsrichterlichen Aufgaben abtreten mussten. Während die Friedensrichter sich eher zu Mediatoren wandelten, wurde die obere Gerichtsstufe (Appellationsgericht, Obergericht, Spezialgerichte) im Laufe der Zeit stark ausgebaut.
Das Aargauische Versicherungsamt hat als selbstständige Staatsanstalt seine Unterlagen dem Staatsarchiv übergeben. Sie stellen Quellen zu Häuser-, Orts-, Katastrophen- und Umweltgeschichte dar.
