Eine offene, transparente Information und eine angemessene Partizipation sind wesentlich für die erfolgreiche Durchführung des Auswahlverfahrens für geologische Tiefenlager. Die Beteiligung der betroffenen Kantone, Re­gionen und Gemeinden ist deshalb in allen Etappen des Verfahrens ein zentrales Thema.
In Etappe 1 des Auswahlverfahrens (von Herbst 2008 bis Ende 2011) wurden in allen in die Evaluation aufgenommenen Standortregionen Verfahren zur Einbindung der betroffenen Gemeinden sowie regionalen Interessensvertretern vorbereitet – als regionale Partizipation bezeichnet. Damit wird gewährleistet, dass die Interessen, Bedürfnisse und Werte der betroffenen Gemeinden und der Bevölkerung berücksichtigt werden können. Die Gemeinden der Standortregionen arbeiten mit dem BFE bei der Organisation und Durchführung der regionalen Partizipation zusammen, die Standortkantone koordinieren diese Zusammenarbeit. 
Zwischen Juni und November 2011 haben die Organisationen der regionalen Partizipation formell ihre Arbeit aufgenommen.

Für jede der 3 Etappen des Auswahlverfahrens wird zudem ein dreimonatiges formelles Anhörungs- und Mitwirkungsverfahren durchgeführt, in dem alle Betroffenen zu den erarbeiteten Resultaten Stellung nehmen können.

Grundsätzlich dürfen sich alle Gemeinden, die vom Auswahlverfahren betroffen sind, direkt am Verfahren beteiligen. Betroffen sind insbesondere die so genannten Standortgemeinden – Gemeinden unter deren Gebiet ein potenzielles geologisches Standortgebiet ganz oder teilweise liegt – sowie die Gemeinden im Planungsperimeter, welche für die Oberflächenanlagen (insbesondere dem Ausgangspunkt des Zugangstunnels) in Frage kommen. In begründeten Fällen können zusätzliche Gemeinden als "weitere betroffene Gemeinden" zur Standortregion gezählt werden.